拆迁协议只要一份正本肯定是不合法的。
既然已经签订协议，至少涉及拆迁的相关方各执一份，而且还要留一份备档或公证，这才是合法稳妥的流程。
所以你们完全可以要求保留一份协议原件，这是最基本的常识和要求。
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公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。
第三十条
公证机构经审查，认为申请提供的证明材料真实、合法、充分，申请公证的事项真实、合法的，应当自受理公证申请之日起十五个工作日内向当事人出具公证书。
《民法典》第二百一十五条
当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者当事人另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。